南京大学校史博物馆及数字化校史博物馆，自1999年5月开始筹建，终于在南京大学百年校庆之际开馆了。原中央大学校长、百岁老人顾毓琇为校史博物馆题写了馆名。校史博物馆分“百年校史”、“今日南大”、“百年英才”、“多媒体演示”及“礼品厅”等五个展区。
一、 一楼序厅
校史博物馆进门序厅和楼梯两边的墙面上，用写真灯箱和彩喷展出了鼓楼和浦口两校区规划平面图，南京大学“诚、朴、雄、伟、励、学、敦、行”的校训及不同时期的校门、校景、部份毕业生合影照等。使人一走进校史博物馆，如同进入南大百年的“时光燧道”，不禁勾起校友们回忆当年、怀念师长、思念同窗之情二楼多媒体演示厅
二、二楼中间大厅
利用背投式大屏幕，播放江谦作词、李叔同谱曲的南京大学校歌，中央电视台及校内电视台摄制的“百年南大”录像等。身临多媒体演示大厅，吟听校歌优美的旋律和学长们慷慨激昂而又亲切的谈吐及回忆，您会感受到南大百年深沉的文化底蕴、一脉相承的优良学风和催人奋进的南大精神。
三、第一展厅-百年校史及光荣革命传统　
二楼东侧第一展区分为：“历任校长”、“三江两江”、“南高东大”、“中央大学”、“金陵大学”、“南京大学”等栏目，利用50多米长的展橱，7个独立展柜，展出了400多张不同时期的照片，200多件史料、实物。其中包括宣统二年两江师范学堂的毕业文凭、“物理女王”吴健雄三十年代在校学习时使用过的仪器以及金陵大学时期的铜钟等。利用两台彩电播放南京大学“60周年校庆”、“80周年校庆”及“90周年校庆”的录像及1985年制作的外文版“南大介绍”。在展厅中间的八角亭上，用四台计算机播放集解说词配音、照片、文字、音乐及部份视频为一体的《数字化校史博物馆多媒体系统》。通过这些展示手段，较为生动、详实地揭示了南京大学百年发展历程和不同时期的办学理念、优良传统、学风校风建设及取得的重要成果。
四、第二展厅-今日南大　
二楼西侧的第二展区分为：“领导关怀”、“队伍建设”、“学科建设”、“人才培养”、“科学研究”、“条件建设”、“国际交流”、“精神文明建设”、“校友情结”及“捐资助学”等栏目，用60多米长的展橱，展出了700多幅照片，300多件1978年以来取得的教学、科研重要成果奖奖状、奖品、获奖著作及实物等。在中间的6个独立展柜中，展出我校教师历年来获得的国际奖、国家级教学、科研奖奖品，SCI论文数连续7年位居全国高校第一的奖状等。其中包括任美锷院士获得的英国皇家地理学会颁发的维多利亚奖章、张威廉教授获得的德意志联邦共和国大十字勋章等。在这里您还会看到，当年引发全国关于真理标准大讨论的、《光明日报》上刊登的由我校胡福明老师起草的《实践是检验真理的唯一标准》文章的多次修改稿。同时，还用两台彩电连续播放江总书记及其他党和国家领导人来校视察的录像，播放国际交流与合作、校友及社会各界捐资助学方面的活动录像。在中间的八角亭上，用四台计算机交互点击播放有大量活动视频及配音的《今日南大》多媒体演示系统。
五、第三展厅-百年英才
　　百年英才厅分为：“科学巨擘”、“校友中的开拓者”、“两院院士”、“知名人文学者”、“港台及海外知名校友”、“部省级以上领导中的校友”、“再铸辉煌”等栏目。用40多米长的展橱和4个独立展柜，展出了300多位知名校友的业绩材料及200多件实物、模型等。两台电视机分别播放“两弹一星功勋奖颁奖大会”、“强五之歌”及“李国鼎”、“陈白尘”等录像。并用两台计算机触摸屏，供参观人员交互点击观看300多位知名校友的业绩介绍及20多位校友的录像。
　　
通过上述各种展示手段，使百年南大的发展史，几代南大人及莘莘学子辛勤耕耘的结晶，被浓缩、淀积在这里。为使参观者更详细地了解南京大学校史博物馆，档案馆的同志还制作了《数字化校史博物馆多媒体光盘》，将校史博物馆内所有展版内容和重要录像，用多媒体软件制作成动态画廊，并配有大量文字、解说词、背景音乐、可点击放大的照片等，较为生动形象地将百年南京大学发展史、重大事件和知名校友的照片都浓缩在这张光盘上。它是一部缩微的南京大学百年史，也是南京大学百年庆典的一份珍贵纪念品
 
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